En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, no consiguió el objetivo de clasificar para el Mundial bajo la tutela de los técnicos Paulo Autuori y luego Freddy Ternero ocupando el penúltimo lugar con tan solo 18 puntos, superando únicamente a Bolivia. En la Copa América 2007 organizada por los venezolanos. Durante las 6 primeras jornadas del proceso clasificatorio para la Copa Mundial de Fútbol de 2010, sumó apenas tres puntos, aunado a los actos de indisciplina de algunos de los futbolistas peruanos mientras se encontraban en la concentración del seleccionado en el Hotel Golf Los Incas, luego del empate 1-1 con Brasil en Lima.
